Органи на МАЗЗ се: Собрание, Управен одбор и Надзорен одбор.
Собранието (највисок орган) работи на седници, најмалку еднаш годишно а седниците на Собранието ги свикува Претседателот на МАЗЗ по сопствена иницијатива, по барање на Управниот одбор на МАЗЗ или по писмено барање на една третина од членовите на здружението.
Управниот одбор на МАЗЗ (управувачки орган) во моментот се состои од 6 члена избрани од Собранието на МАЗЗ. За членови на Управниот одбор се бираат лица кои со својата работа и придонес ќе обезбедат и овозможат успешно функционирање и работа на МАЗЗ во реализација на задачите и целите. Претседателот на МАЗЗ е претседател и на Управниот одбор и тоја ја претставува и застапува организацијата пред трети лица.
Членови на Управниот одбор на Македонската асоцијација на земјоделски задруги се:
Менде Трајковски (Претседател на МАЗЗ)
Мукрем Мехмеди
Лазар Боев
Дејан Петровски
Менде Трајковски
Драги Памуков
Љубе Пампулевски
Надзорниот одбор (надзорен орган) во моментот се состои од 4 члена избрани од Собранието на МАЗЗ и истиот врши надзор на финансиското и материјално работење на МАЗЗ односно врши контрола на правилно и законито спроведување на одлуките и заклучоците донесени од страна на Собранието и Управниот одбор. Претседателот на Надзорниот одбор се избира од страна на Собранието, пред да отпочне со работа одборот за контрола.
Членови на Надзорниот одбор на Македонската асоцијација на земјоделски задруги се:
Ѓорѓи Андонов
Ристо Христов
Моме Младеновски
Ѓорѓи Хаџи-Котаров
Претседателот на МАЗЗ:
– се грижи и е одговорен за законито работење на МАЗЗ
– ги свикува седниците на Управниот одбор и претседава со нив ;
-ги потпишува одлуките и другите акти што ќе ги донесат Собранието и Управниот одбор на МАЗЗ потпишува и склучува договори за функционирање на асоцијацијата
– се грижи за доследно спроведување на програмите, заклучоците и одлуките на Собранието и на Управниот одбор на МАЗЗ и врши контрола за нивна реализација;
– Претседателот на Управниот одбор на МАЗЗ ја претставува и застапува асоцијацијата, а во случај на негова спреченост или отсутност МАЗЗ ја претставува и застапува, потпретседателот или член од Управниот одбор што тој ќе го определи:
– Претседателот на Управниот одбор на МАЗЗ може да овласти со полномошно друго лице што ќе ја застапува асоцијацијата за определени прашања пред надлежните органи на управата, судови и други институции:
– Претседателот на МАЗЗ се избира од страна на членовите на Собранието.
– мандатот на претседателот на МАЗЗ трае 4 (четири години). Исто лице може да биде избрано за претседател на МАЗЗ во наредниот мандат;
– за својата работа Претседателот на МАЗЗ одговара пред Собранието;
– Претседателот на МАЗЗ може да го запре извршувањето на актот на асоцијацијата што е спротивен на уставот на Република Македонија, закон и овој Статут.
Претседател